与此同时，爱尔兰政府也对该裁决提出抗议，称欧盟干预了自己的主权。爱尔兰财政部在其官网发表声明称，爱尔兰不接受欧盟的税务分析，苹果遵守了爱尔兰的税收法，政府也没有和纳税人做交易。
欧盟派驻爱尔兰向苹果追缴140亿美元税款的这支团队代号为“The Maxforce”(竭尽全力)，是一个在欧盟负责调查各企业纳税计划的特别工作组。自2013年成立以来，该团队调查过亚马逊、麦当劳和菲亚特-克莱斯勒等跨国公司在卢森堡的税务安排以及星巴克在荷兰的纳税安排等。
这支团队花费三年时间调查苹果公司在爱尔兰的纳税安排，最终裁决认定：爱尔兰允许苹果创建“无国籍公司”，实际上意味着允许苹果自己决定缴纳的税款金额。调查人员称，苹果通过两个爱尔兰子公司转移来自数十个国家的利润。在一个至少是得到爱尔兰政府默许的系统中，苹果公司的利润一分为二，绝大部分被转移到了“总公司”。但这个总公司没有员工和具体总部，因此不需要为爱尔兰以外地区的任何利润纳税。与此同时，美国也不会对苹果的这些子公司课税，因为它们是在爱尔兰注册的。
今年8月，欧盟裁定，爱尔兰与苹果达成了私下交易，违反了欧盟法律。欧盟要求爱尔兰向苹果追缴从2003年至2014年的税款，算上利息后达到创纪录的140亿美元。欧盟委员会举例称，2011年，苹果爱尔兰子公司“苹果国际销售公司”(ASI)从欧洲产品销售中获得大约160亿欧元利润，但是只有5000万欧元需要在爱尔兰承担纳税义务，另外159.5亿欧元不需要纳税。
中国欧盟商会前副主席史蒂芬·塞克(Stefan Sack)对第一财经记者表示：“欧盟委员会的裁决合情合理，符合一般逻辑。公司在任何地方只要有利润就该交税，爱尔兰政府的做法超出了限度。苹果在爱尔兰赚钱，就应该遵守欧洲的法律。”
目前双方的焦点在于苹果是否需要为爱尔兰以外的销售在欧盟缴税。根据爱尔兰在上世纪50年代制定的法律，作为一家出口公司，苹果不需要为在爱尔兰创造的海外产品销售额纳税。
不过为了遵守欧盟的规定，爱尔兰在1990年结束了零税率政策。随后，苹果与爱尔兰同意使用一个复杂的公式为归属于一家爱尔兰重要子公司的利润纳税金额设定上限。按照这一公式计算，苹果在1990年应纳税的利润金额在3000万~4000万美元。即便苹果开始在亚洲组装大部分产品后，这一公式仍旧没有改变。
欧盟竞争事务专员玛格丽特·维斯塔格(Margrethe Vestager)曾在与苹果CEO蒂姆·库克(Tim Cook)会面时询问了苹果在全球多个司法管辖区的纳税情况。她对苹果高管表示：“必须得有人向你们征税。”
库克当时重申苹果的利润会被延迟课税，需要等到公司把这部分利润转移回美国后就会被征税。但今年8月29日下午，爱尔兰官员透露，苹果的补缴税款可能达到数十亿美元;次日中午，维斯塔格召开新闻发布会，宣布要求苹果补缴130亿欧元税款。
“我们是最容易吸引关注的企业，欧盟拿我们开刀是最容易的。”苹果公司法律总顾问Bruce Sewell在接受采访时表示，苹果在爱尔兰拥有6000名员工，爱尔兰子公司向母公司支付授权费以使用产品中的知识产权，子公司本身并不拥有这些知识产权，所以不需要在爱尔兰纳税。
上个月，爱尔兰也已经向欧盟提出上诉，称未给予苹果避税优惠。“爱尔兰的税收体制是非常透明的，对于企业的税收都是在法律的框架之下，我们绝不会给任何企业特殊的待遇。”爱尔兰财政部国务部长欧文·莫菲(Eoghan Murphy)指责欧盟对爱尔兰的起诉是出于竞争目的而不是税务问题。
为了缓和因苹果税务纠纷引起的不愉快，维斯塔格两个多月前造访美国，不过受到的冷遇多过迎合。
美国议会金融委员会主席Orrin Hatch表示：“欧盟并没有和其他国家紧密合作，加强全球税收框架的建立，提升全球税收的法律法规，而是在近期的所谓‘国家援助’规定中，选择通过追溯在主权国家和企业之间的税收，来欺压一家美国公司。”
而维斯塔格则重申了爱尔兰政府对苹果给出特殊优惠：“我们的规定并不阻止政府在每一个企业身上减免税收，但是他们不能有选择性地对某些特别受欢迎的公司进行差别对待。”
在爱尔兰苹果税的纷争仍然处于白热化之际，美国方面，大家似乎开始一致认同税收体系改革将是帮助企业解决问题的最好途径，Hatch表示：“适当减轻企业税负，能有助于投资回流本土。” 美国第45任总统唐纳德·特朗普已经承诺将给出科技公司巨大的税收优惠，吸引美国制造业回流。
未来几周，欧盟预计将公布The Maxforce团队的更多调查细节。目前苹果被要求在几周之内缴纳140亿美元的税款，但是这些资金将由第三方保管，这个问题可能需要花费数年时间才能得到解决。
Canalys亚太研究总监彭路平对第一财经表示：“如果欧盟向苹果追缴税款，那么将不利于欧美经贸关系的长期发展。另一方面，因为上诉可能会是一个持续几年的过程，苹果有能力去打这场持久战，这会导致最后苹果支付给欧盟的罚款比现在140亿美元的价格低很多。”
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